Übersicht

Die agrarwissenschaftliche Genomforschung nutzt genomische Evaluationswerkzeuge, um Ernteerträge und die Fleischproduktion für die Versorgung der Weltbevölkerung zu steigern. Durch die Erfassung und Nutzung von Phänotyp- und Genotypdaten können Unternehmen Pflanzen und Tiere mit dem erfolgversprechendsten Zuchtpotential identifizieren, um die gewünschten Merkmale zu erreichen. Dieser Prozess erfordert große Datenmengen, gleichzeitig ist jedoch auch eine kritische Qualitätskontrollkomponente erforderlich. Zusätzlich bringt die Übertragung von großen Forschungsdaten für zentrale Analysen im heutigen Umfeld ein Bandbreiten- und Sicherheitsproblem mit sich.

Die Genomauswertung bei der Zuchtauswahl basiert auf einem genauen Stammbaum sowie regelmäßiger Protokollierung von Merkmalen in jeder Generation. BC Platforms ist in der einmaligen Lage, wertvolle Beratung und eine gebrauchsfertige, optimale Lösung für eine automatisierte Qualitätskontrolle, die Harmonisierung von Daten und produktionskritische Rechenaufgaben anbieten zu können. Wenn Sie mit dem Gedanken spielen, genetische Zuchtwerte in Ihre Produktion aufzunehmen, kann BC Platforms Ihnen helfen, Ihre Bedürfnisse bezüglich Bandbreite, Qualitätskontrolle und Rechenressourcen zu bestimmen. Wir haben mehrere Arbeitsabläufe zur Qualitätskontrolle und automatisierte Berechnungen für Zuchtwerte umgesetzt, z. B. unter Verwendung von DMU und GBLUP (beste lineare und unverzerrte Genomvorhersage).

 

BC|TOOLS

Das leistungsstarke Rückgrat von BC|GENOME wird als eigenes Paket an diejenigen geliefert, die maximale Flexibilität, Anpassbarkeit und die Genomanalyseplattform mit der weltbesten Leistung ohne grafische Unterstützung benötigen. Dieser Modulsatz ist ideal für Umgebungen mit einer hohen Leistung und schneller  Lieferung, wo die Neuerfindung des Rads keinen Sinn ergibt. Die Nutzer erhalten ein vollständiges Werkzeugset für die Datenbank, die Genomdatenstrukturen und die Auftragskontrollanalyse, wodurch die Integration großer Genomanalysen in Ihre internen Abläufe und den Datenbearbeitungsschritte möglich ist.

Wesentliche Bioinformatik-Einrichtungen

  • Bietet dieselbe Datensicherheit und Verwaltungs-Features wie BC|GENOME
  • Einfache Anpassung des Datenflusses und der Ergebnisse innerhalb des Projekts
  • Skript-Unterstützung für R, SAS und Perl
  • Exportformate für SPSS, Excel und die Analyse-Software PLINK

Hoch spezialisierte Bioinformatik-Projekte

  • Flexibel und anpassbar für interne Arbeitsabläufe
  • Plug-ins für externe Datenquellen, d. h. SQL-Datenbanken, URL und Flat files
  • Hoher Datendurchsatz, wird direkt in die Analyse geleitet

BC|SAMPLE

BC|SAMPLE ist ein Mehrzweck-Tool für Probennachverfolgung und Prozessmanagement. BC|SAMPLE unterstützt platten- und probenorientierte Arbeitsabläufe, Location-Tracking, Plattenerstellung und -verarbeitung und Instrumentenschnittstellen. Berichte über Probensammlung und -verarbeitung können leicht erstellt werden, und Protokolle können zur Flüssigkeitsbehandlung oder zu sonstigen Instrumenten exportiert werden. BC|SAMPLE speichert wiederholte Ergebnisse bei der Probenverarbeitung für eine einfache Ansicht von Probenstatus und -verlauf.

BC|SAMPLE kommuniziert mit BC|DATA, BC|CLIN und BC|GENOME, wodurch die Probendaten samt den Probandeninformationen für Querverweise genutzt werden können. BC|SAMPLE entspricht denselben Datensicherheitseigenschaften und -standards wie BC|DATA und bietet eine Zugangskontrolle auf Gruppen-, Rollen- und Datensatzebene sowie eine vollständige Nachverfolgung von Probeneigentum und -verlauf.

Genomprobensammlungen und Labore

Bietet strukturierte Pläne zur Probenregistrierung mit automatisierten IDs
Synchronisiert Dateneingabe und -bearbeitung mit BC|DATA, wenn erforderlich
Verfolgt wiederholte Probenverarbeitungen nach und bietet Berichtsergebnisse
Pipettierungspläne und Verwässerungsberechnungen
Leichter Label-Editor im Lieferumfang enthalten, der die gängigen Barcode-Formate unterstützt
Berichte zur Probenverarbeitung und zu ausgewählten Parametern

 

BC|DATA

Die Hauptstärke des BC-Betriebssystems ist die Fähigkeit, konventionelle Datenbanksuchanfragen mit komplexen, statistischen Analysearbeitsabläufen übergangslos zu verbinden, unabhängig von der Datenmenge oder der Analyseart. Dies ist ein guter Ausgangspunkt für interne Entwicklungen und die Anpassung bestehender Arbeitsabläufe für die Automation und die Parallelisierung. BC|DATA stellt eine Basis dar, auf der Datenbankadministratoren und Bioinformatiker ihre maßgeschneiderten Plattformen, Nutzerschnittstellen und Community-Portale aufbauen können. Deswegen eignet es sich hervorragend für Pionierprojekte, bei denen entwickelte oder veröffentlichte Tools noch nicht bestehen oder optimiert werden müssen.

Pionierdatenerfassung

Flexible Datenmodelle für Entdeckungen
Interne Methodenentwicklung
Fähigkeit zur Integration von maßgeschneiderten Statistik-Tools und -Skripten

Community-Schnittstellen und Portale

Datenschema für die Interaktion mit Genomdatenbanken
API für eine Nutzerschnittstelle, um Daten für Suchanfragen herauszuziehen

BC|GENOME

BC|GENOME bietet eine Plattform für professionelle und effiziente Untersuchungsverwaltung und Analysen für alles, was mit Genomforschung zu tun hat. Das innovative Prinzip der Problemaufteilung ist das Rückgrat der Plattform und vereinfacht eindrucksvoll, effizient und schnell die Arbeitsabläufe für komplexe Genomanalysen und -suchanfragen. BC|GENOME wird hinsichtlich der Datenmenge und der damit verbundenen Komplexität sowohl kleineren Assoziationsstudien als auch den größten bestehenden Genomprojekten gerecht. BC|GENOME unterstützt mehr als 30 getestete akademische Analysepakete, Kalkulationen, interne Skripts wie R und SAS, und es stellt eine API für die umfassendere Anpassung an Ihre Bioinformatiker zur Verfügung. BC|GENOME besteht aus mehreren Modulen, um eine steigende Anzahl an Datentypen zu verwalten – einschließlich NGS und „Omik“-Daten.

BC|GENOME kann die Leistung von verfügbaren Rechenressourcen nutzbar machen, einschließlich lokaler Cluster, privater oder öffentlicher Clouds und Einzelrechnern. Die Modularität von BC|GENOME macht es zu einer leistungsstarken Datenintegrationsschnittstelle für externe Datenbanken, Instrumente, Ressourcen aus internationaler Zusammenarbeit und elektronische Krankenunterlagen.

GWAS, NGS und weitere Bioinformatikprojekte

  • Kleine und massive Zusammenhänge und weitere Statistiken
  • Arbeitsabläufe zur Anpassung, Aufruf von Varianten, Funktionsanmerkungen
  • Integration in klinische Daten
  • Interne Plug-in-Algorithmen und -Tools
  • Integration in bestehende Rechenressourcen für schnellere Parallelanalysen

Weltweite Datenerfassung

  • Weltweite Zusammenarbeit dank gewährleisteter Datensicherheit
  • Bietet ein leistungsstarkes Datenmanagement und eine Analyseplattform für sämtliche Forschungsteams
  • Vereinte Datenquellen für geografisch verteilte Daten und bestimmte Datenformate (SQL, URL, Flat files)
  • Zentralisierte Verwaltung mit Flexibilität für ein ungehindertes lokales Datenmanagement
  • Vollständige Ausnutzung der lokalen IT-Kapazitäten

 

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